رهبر فرزانه انقلاب، حضرت آیت الله خامنه‌ای درباره شهید مصطفی خمینی می‌گویند: ایشان طوری رفتار می‌کرد که با هیچ یک از مراجعین فرقی نداشت و هرگز انتساب به امام (ره) و با نام ایشان برای او وسیله‌ای محسوب نمی‌شد.

حجت الاسلام والمسلمین محمد رضا پیری با بیان اینکه رمز و راز محبوبیت امام راحل ساده‌زیستی و معنویت ایشان بود، گفت: امام (ره) یک رهبر الهی بود که با آحاد جامعه و پایین ترین اقشار جامعه همدرد و الگو بود.